白癜风的危害 http://pf.39.net/bdfyy/qsnbdf/140323/4359087.html由瑞典卡罗林斯卡学院的研究人员领导的一个小组分析了乳腺癌肿瘤的蛋白质组学前景，发现了与基于转录组的分析的类似子类以及一个其他亚型。
基于50个转录本(PAM50)的表达，乳腺肿瘤可分为5个亚型——基底细胞样、正常乳腺样、HER2、luminalA和luminalB，但是由卡罗林斯卡医学院的JanneLehtio领导的研究人员指出，许多患者仍然被错误分类。
研究人员试图在蛋白质组水平上对乳腺肿瘤进行分类，并分析了45个乳腺肿瘤的蛋白质组特征，它们分别代表五种PAM50亚型中的一种。正如他们本周在《自然通讯》(NatureCommunications)上发表的报告所述，他们发现，虽然基于肿瘤蛋白质组谱的聚类与基于表达的组基本一致，但他们可以梳理出更多的分类，并确定潜在的治疗目标。
研究人员的报告称：“随着对乳腺肿瘤研究的深入，越来越多的事实证明乳腺肿瘤患者的每个个体都具有独特性，在选择现有治疗方案和开发新的治疗方案时，考虑分子结构将变得至关重要。”“虽然最初mRNA谱分析占主导地位，但本文提出的‘前景’研究表明，定量蛋白质组的仪器分析将会有重大发展。”
在这项研究中，研究人员从Oslo2研究人群中选择了45名患者，这些患者的肿瘤被分为五个PAM50亚型组。然后他们用LC-MS/MS方法分析这些肿瘤，在个基因中发现个蛋白质。
这些蛋白质组的非监督分级的聚类将这些肿瘤按照PAM50名称进行分组。虽然这种聚类方法区分了基底细胞样、正常乳腺样和luminalA亚型，但它发现luminalB和HER2亚型存在重叠。研究人员指出，接受mRNA亚型分析但结果出现矛盾的HER2阳性患者的临床报告与肿瘤转录谱的发现相一致。
蛋白质组学分析可以揭示更多的组。例如，对高变异蛋白的聚类的分析发现了6个一致的核心肿瘤集群(CoTC)。这些CoTC分类与正常型和luminalA肿瘤的PAM50亚组重叠，但是却能将基底样肿瘤分为两组。它结合了HER2和一些luminalB肿瘤，但将其他luminalB肿瘤分在一个单独的组内。
这些CoTC肿瘤组也具有不同的蛋白功能模块。例如研究人员发现，与CoTC1肿瘤相比，CoTC2肿瘤的免疫应答相关蛋白升高，而CoTC3和CoTC4肿瘤的luminal蛋白表达升高。
研究人员同样根据这些肿瘤的磷蛋白图谱将其分为四组。此外，他们注意到ESR1、PGR、AR和BCL2蛋白的丰度高度相关，这表明它们可能使肿瘤易受激素受体抑制剂联合治疗的影响。
他们同样发现EGFR和MET经常同时表达，这可以作为基底细胞样和正常细胞样肿瘤的标志物，尤其是导管原位癌。
在一项综合蛋白质基因组分析中，研究人员将他们识别的多肽映射回基因组，包括被认为是非编码或内含子的区域。据预测，近三分之一的多肽能与MHCI类蛋白结合，但在正常组织的质量学数据中没有发现，这表明它们可能具有肿瘤特异性。
研究人员认为，来自这些区域的多肽虽然没有编码，但可以作为肿瘤的抗原靶点，并用于开发免疫疗法。他们补充道“我们假设，未描述的基因变体和非编码区域的蛋白产物是癌症基因组不稳定的结果，它们是免疫疗法肿瘤特异性靶点的强有力备选目标。”研究人员的数据详见：
